在食品無菌潔凈車間生產中，栽培室和蘑菇生產室需要根據蘑菇生長需要進行通風，進入室外新鮮空氣，排放蘑菇生長產生的二氧化碳。
進入蘑菇房的空氣溫濕度會對蘑菇房的溫濕度產生很大的影響，室內外的縫隙越大，通風越容易造成室內環境的不穩定。
我國南方夏季室外空氣相對濕度較高，通風換氣會導致蘑菇房濕度增加。此外，大多數食用菌的生長溫度遠低于外界溫度。當高溫高濕的室外空氣進入蘑菇房時，會產生冷凝水，墻壁和倉板表面的冷凝水會滋生細菌和霉菌。
如果這種情況發生在接種室、培養室等前沿環節，很容易導致污染率上升。如果出現在香菇房內，會導致香菇干燥度下降，影響保質期，甚至出現嚴重病害。
夏季凈化車間應減少外循環新風量，或全部處于內循環狀態，最大限度避免室外高溫高濕空氣進入。栽培室和蘑菇生產室的設計應考慮新風冷卻和除濕問題。如果采用集中送風，很容易解決問題。表面冷卻器應安裝在新風機中，表面冷卻器應充滿低溫制冷劑。
在北方，夏季高溫對通風的影響僅出現在夏季最高氣溫時期，其影響遠小于南方。
在北方，通風對食用菌生產的影響是在冬季。室外空氣的特點是低溫干燥。低溫干燥空氣對冷卻室和接種室無明顯影響。它對栽培室和蘑菇生產室的影響很大，主要體現在兩個方面。一是低溫空氣會使培養室部分區域因空氣新鮮而溫度降低，導致產菌與產菌不一致。其次，低濕度和干燥的空氣會立即將蘑菇房的相對濕度降低到不可接受的水平。
對于較低的新風溫度，最好的解決辦法是對新風進行預熱。同樣，集中送風更容易解決。在新風機內安裝預熱裝置。如果條件允許，新風溫度將自動控制。
在北方，冬季新風溫度低可以通過預熱來解決，但如果新風濕度小，就沒有辦法通過預濕來解決。主要原因是濕度不易控制，通風管道加濕后容易滋生細菌。
因此，冬季要特別注意新風濕度低對環境的影響，提前檢修加濕設備，配備足夠的加濕設備，有條件的話要使用超聲波加濕器。
換氣前，蘑菇房的濕度應留有適當的換氣余量，以抵抗新鮮空氣干燥對蘑菇房環境的影響。應采取少通風、頻繁通風的原則。
冬季北方蘑菇屋出口易發生冷空氣回流，導致蘑菇屋出口附近溫度長期偏低。一般情況下，止回裝置會安裝在出口處，但效果不大，只是為了減少沖擊。
